Năm 1967, trường Phúc Xá được chuyển địa điểm về thôn Gia Thượng (nay là trường Tiểu học Ngọc Thụy). Đến năm học 1979-1980, trường được tách thành hai: Trường Ngọc Thụy A đặt cơ sở tại thôn Gia Thượng và đình chùa Bắc Biên; trường Ngọc Thụy B đặt cơ sở tại khu Tham Vàng. Đến năm học 1980 - 1981, hai trường lại sáp nhập thành một trường mang tên trường Phổ thông cơ sở Ngọc Thụy. Năm 1983, trường tiếp nhận thêm hai cơ sở mới tại đơn vị Z133 với 4 phòng học và tại thôn Bắc Cầu 1 với 2 phòng học.
Sau hơn 20 năm trưởng thành và phát triển, từ năm học 1985-1986, nhà trường liên tục được công nhận là Trường tiên tiến cấp Huyện.
Năm học 1994 - 1995, trường PTCS Ngọc Thụy được tách thành trường Tiểu học Ngọc Thụy đặt tại cơ sở cũ, trường THCS Ngọc Thụy chuyển sang cơ sở mới xây dựng và không còn các điểm trường nằm rải rác trên địa bàn xã.
Được sự quan tâm của các cấp lãnh đạo, trường THCS Ngọc Thụy được đầu tư cơ sở vật chất khang trang, tạo điều kiện thuận lợi cho việc nâng cao chất lượng dạy và học của nhà trường. Năm học 2006-2007, trường THCS Ngọc Thụy được công nhận Trường chuẩn Quốc gia giai đoạn 2001-2010.
Nhiều năm liên tục, nhà trường đã đạt Tập thể lao động xuất sắc cấp Thành phố. Năm học 2009-2010, nhà trường vinh dự được nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam đã có nhiều thành tích trong công tác giáo dục và đào tạo từ năm học 2006-2007 đến năm học 2008-2009, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
Năm học 2011-2012, nhà trường đã vinh dự đón nhận Huân chương Lao động hạng III của Chủ tịch nước.
Năm học 2017-2018, được sự quan tâm sát sao của Quận uỷ, Hội đồng nhân dân, UBND quận Long Biên, trường THCS Ngọc Thụy được xây dựng tại địa điểm mới (Ngách 268/58 đường Ngọc Thụy, phường Ngọc Thụy) với diện tích 10.085m2 gồm 41 phòng học, các phòng làm việc, phòng bộ môn được trang bị thiết bị dạy học hiện đại.
Năm học 2019 - 2020, trường được công nhận: Trường THCS đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1 và Chứng nhận đạt kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ 2.
Các thế hệ cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường luôn đoàn kết, nỗ lực không ngừng trong công tác thi đua quản lý tốt, dạy tốt, học tốt mang lại nhiều thành tích, niềm vinh dự và tự hào cho nhà trường. Hiện nay nhà trường có trên 70 cán bộ, giáo viên, nhân viên; nhiều thầy giáo, cô giáo đã đạt danh hiệu giáo viên dạy giỏi cấp Quận, cấp Thành phố, cấp Quốc gia, Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở và đạt nhiều giải cao trong các cuộc thi.
Các thế hệ học sinh nhà trường luôn được quan tâm giáo dục phát triển toàn diện cả về văn hoá, văn nghệ và thể dục thể thao. Nhiều học sinh đạt giải cao trong các kỳ thi học sinh giỏi cấp Quận, cấp Thành phố, hội khoẻ Phù Đổng và các sân chơi Quốc gia, Quốc tế. Năm học 2023-2024, nhà trường có 17 học sinh giỏi cấp Quận, 8 học sinh giỏi cấp Thành phố, 97 học sinh đạt học sinh giỏi các sân chơi Quốc gia và Quốc tế.
Trải qua 65 năm trưởng thành và phát triển, các thế hệ cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh trường THCS Ngọc Thụy không ngừng nỗ lực phấn đấu với quyết tâm xây dựng một ngôi trường phát triển vững mạnh, xứng đáng với niềm tin của các cấp lãnh đạo, là một địa chỉ tin cậy của nhân dân địa phương và các bậc phụ huynh học sinh.