Chùa có tên là Linh Ứng Tự, thường được gọi theo địa danh là chùa thôn Ngô. Thôn Ngô là một trong bốn thôn, xưa thuộc xã Cự Linh, Thạch Bàn, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Từ năm 1961, Gia Lâm thuộc Hà Nội và từ cuối năm 2003 một phần đất Gia Lâm chuyển thành quận Long Biên, trong đó, có Thạch Bàn. Chùa hiện nay thuộc tổ 9 phường Thạch Bàn.
Chùa Linh Ứng nằm ở phía Đông – Nam của thôn Ngô. Tuy chỉ là chùa làng nhưng lại khá khang trang trong một khuôn viên rộng với đầy đủ các công trình kiến trúc đáp ứng cho việc thờ cúng các Thần linh nhà Phật cũng như Thần linh thuộc tín ngưỡng dân gian ở địa phương.
Đến chùa, công trình đầu tiên là Tam quan, nằm sát cạnh đường ven làng. Đây là kiến trúc xây 2 tầng, có 3 cửa vào, dựng theo kiểu cuốn vòm, tầng lầu chỉ mở vòm ở gian giữa, để lộ một quả chuông lớn, mái lợp ngói mũi hài được chia làm 3 cấp, trong đó, mái giữa cao hơn, 2 mái bên cân xứng khiến toàn bộ bố cục khá hài hòa, tỷ lệ cân đối, trông chắc chắn mà vẫn duyên dáng. Con đường chính dẫn vào sân chùa là “nhất chính đạo”. Theo Phật triết thì đó là con đường của trí tuệ, của tâm dẫn vào đạo Phật. Đường và sân chùa được lát gạch Bát Tràng, bên phải là giếng chùa, khá rộng và bên trái là vườn cây xum xuê, hoa trái theo mùa.
Ngôi chùa chính được xây dựng nhìn về hướng Đông- Nam, có mặt bằng hình chữ đinh, đặt trên nền cao khoảng 1m so với mặt sân, bao gồm Tiền đường 5 gian, 2 dĩ, tường hồi bít đốc với trụ biểu được đắp vẽ trang trí ở phía trước Thượng Điện 3 gian, mái lợp ngói ta. Tên chùa với 3 chữ Hán “Linh Ứng tự” (chùa Linh Ứng) được đắp trong khung chữ nhật, đặt ở chính giữa, trên nóc mái. Bộ vì gỗ chính của tòa Tiền đường được làm theo kiểu “Thượng chồng rường con nhị, hạ kẻ truyền” với 4 hàng chân cột, ở những con rường, đầu bẩy được chạm nổi những đường vân mây, hoa lá nhẹ nhàng.
Đây là kiểu kiến thức thường gặp trong các kiến trúc gỗ cổ truyền. Tuy nhiên, ngôi chùa này đã được tu tạo gần đây vào năm 2010 nên còn rất chắc chắn, song vẫn giữ được những nét nghệ thuật truyền thống. Đặc biệt, hai bức cốn chạm khắc công phu, được bảo lưu ở 2 bộ vì gian giữa Tiền đường. Bằng thủ pháp chạm nổi, bong kênh, với đường nét trau chuốt, tỷ mỷ, các nghệ nhân đã thể hiện đồ án “Long mã và Thần quy” xen kẽ vân mây, hoa lá. Chim Phượng ở trên cao, phía dưới là sông nước, hoa sen thật sinh động.
Thượng điện gồm 3 gian 1 dĩ là một bộ phận kiến trúc nối với Tiền đường, có kết cấu vì nóc kiểu “con rường chồng đấu” với 4 hàng chân cột, tường bao đỡ mái 3 mặt. Riêng vì nóc cuối cùng có kết cấu kiểu ván mê, dưới dạng một “cánh dơi” lớn, trên mặt ván có chạm nổi “lưỡng Long chầu nhật”. Dọc theo các gian giữa có các bệ xây để đặt tượng, lối đi vòng quanh sát tường bên.
Qua trao đổi với nhà sư trụ trì và việc nghiên cứu hồ sơ xếp hạng di tích, thì đợt tu bổ lớn gần đây không làm thay đổi kết cấu, dạng thức của di tích. Cùng với việc thay thế vật liệu tốt hơn, phần trang trí cũng được bổ sung. Đó là các hoành phi, câu đối, y môn, cửa võng… Ở Tiền đường và Thượng điện, trong đó, có đến 3 cửa võng được chạm khắc công phu với hình tượng “Lưỡng long chầu nhật” có mặt Hổ phù lớn đội ở chính giữa phía dưới, điểm xuyết là vân mây, hoa lá. Tất cả đều được sơn thếp rực rỡ, làm cho khung cảnh ở Thượng điện thêm trang trọng, uy nghi. Hoành phi ở gian giữa Tiền đường ghi: “Linh Ứng thiền tự” là tên chữ của chùa. Các hoành phi ở gian bên có nội dung ca ngợi đức Phật: “Thần Công anh tắc”; “Vạn Đức chí tôn”… Cách sắp xếp tượng thờ ở Thượng điện cũng theo quy tắc truyền thống.
Lớp tượng thứ nhất, nơi cao nhất ở trong cùng là 3 pho Tam thế có dáng dấp chung, kích thước vừa phải, ngồi trên tòa sen, áo cà sa hở ngực có viết chữ Vạn, tay đặt trên lòng đùi trong thế kết ấn tam muội, bộ mặt đôn hậu, đăm chiêu, mắt khép hờ nhìn xuống, đó là vị Phật của quá khứ, hiện tại và vị lai.
Lớp tượng thứ hai là Di Đà Tam Tôn với A Di Đà ngồi thiền định, trên tòa sen ở chính giữa, bên phải là Đại thế Chí Bồ Tát, bên trái là Quan Thế Âm Bồ Tát. Phật A Di Đà biểu hiện cho sức mạnh siêu nhiên mang chức năng tiếp dẫn chúng sinh có Phật quả về miền cực lạc.
Lớp tượng thứ ba là Hoa Nghiêm Tam Thánh, biểu hiện cho Phật Thích Ca với tư thế niệm hoa hay thuyết pháp. Bên phải có A Nan Đà, bên trái có Ca Diếp là 2 trợ thủ của Đức Phật, trong đó, Ca Diếp là đại đệ tử – Tổ thứ nhất, A Nan Đà là Tổ thứ hai của phái Thiền tông. Lớp tượng kế tiếp với Phật Di Lặc ở giữa, nhưng đã xếp lầm Di Lặc Phổ Hiền Bồ Tát vào bên phải và Văn Thù Bồ Tát ở bên trái, hai vị tượng trưng cho chân lý và trí tuệ của Phật. Tiếp đến là tượng “Quan Âm Thiên thủ thiên nhãn” với 18 đôi tay. Lớp tượng cuối cùng là Thích Ca sơ sinh hay cũng gọi là pho tượng Cửu Long Thích Ca sơ sinh, với hình tượng một chú bé ở tư thế đứng với tay trái chỉ lên trời, tay phải chỉ xuống đất với ý: Thiên thượng Thiên hạ duy ngã độc tôn. Hai bên Thượng điện ở sát tường còn có bệ thờ vị sư Tổ của chùa này và ban thờ Địa tạng. Tại Tiền đường là các tượng Hộ pháp: Khuyến Thiện, Trừng Ác và các tượng Đức Ông, Thánh Tăng, đại diện cho giới chúng tăng. Hầu hết tượng ở chùa đều là tượng thổ, có kích cỡ vừa phải, được tạo tác cách ngày nay khoảng hơn 100 năm và mới được tu bổ, sơn thếp lại.
Điện Mẫu ở phía sau chùa, là một ngôi nhà xây tường bao 3 mặt, vì kèo gỗ, mái lợp ngói ta, gồm 3 gian chính, quay về hướng Bắc, nhìn ra sân sau chùa, hiên trước là lối đi thông tới cửa phụ của Tiền đường. Trong điện, các bệ tượng được xây sát tường hậu ở mỗi gian. Gian giữa đặt Tam tòa Thánh Mẫu, phía trên treo bức hoành phi chữ Hán với ý nghĩa tôn vinh: “Mẫu nghi thiên hạ”. Các tượng Mẫu ngồi trong khám sơn son thếp vàng, đặt ở vị trí cao nhất. Mẫu Thượng thiên trang phục màu đỏ, ngồi giữa, với tư cách là mẹ sáng tạo ra bầu trời có sức mạnh của mây, mưa, sấm, chớp. Mẫu Thượng Ngàn, mẹ của nguồn của cải, ngồi bên phải với trang phục xanh có những đường viền vàng nhẹ và Mẫu Thoải, vị sáng tạo ra nguồn nước, yếu tố quyết định đến nghề nông cũng như cuộc sống của con người với trang phục màu trắng ngồi bên trái. Các tượng Mẫu đều có khuôn mặt đôn hậu, dáng vẻ uy nghiêm mà vẫn dung dị gần gũi. Đó cũng là phong cách chung của các pho tượng khác như Vua cha, Thổ địa… có trong ngôi điện này.
Động Sơn Trang được đặt ở gian phía Đông, thờ bà chúa Thượng Ngàn có 12 cô Tiên tay cầm các nhạc cụ cổ truyền, như: phách, đàn, sáo, nhị và các đồ lễ vật đứng hầu xung quanh. Mẫu Thượng Ngàn được coi là người cai quản 36 cửa rừng, nên màu chàm được thể hiện đặc trưng trên trang phụ của các pho tượng.
Qua thời gian tồn tại khá dài, những dấu tích vật chất trên kiến trúc trên chùa Linh Ứng chỉ còn mang niên đại cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX, có lẽ đó là lần trùng tu lớn cách đây hơn 100 năm. Hiện vật đáng kể là một quả chuông đồng treo tại Tiền đường, có niên hiệu Thành Thái thứ 13 (1901). Chuông có kích thước không lớn (cao 65cm, đường kính miệng quai 46cm, quai 27cm) nhưng khá đẹp về hình dáng và tỷ lệ. Quai là một đôi Rồng đấu thân đuôi vào nhau, vai chuông có bốn chữ Hán nổi “Linh Ứng tự chung” từng chữ đặt trong khuôn hình là đề kép. Ở trước Thượng điện còn có 1 hoành phi, 1 đôi câu đối và 2 cửa võng là những hiện vật từ xưa được lưu giữ và sơn thếp lại. Ngoài ra, tại Tam quan còn treo quả chuông lớn và 2 khánh đồng được đúc nhân đợt tu bổ gần đây.
Trong thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp, được các nhà sư trụ trì hết lòng giúp đỡ, địa điểm chùa thôn Ngô trở thành nơi gặp gỡ, hội họp bí mật của các cán bộ cách mạng, nơi xuất phát của nhiều trận đánh Pháp ở khu vực Gia Lâm, nơi có hầm bí mật (tại Thượng điện) che giấu cán bộ hoạt động chống Pháp.
Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, chùa và đình thôn Ngô là nơi chứa quân nhu, lương thực, súng đạn của đơn vị 205 Tổng cục Hậu cần, cung cấp cho chiến trường miền Nam trong suốt những năm 1967-1972.
Như vậy, chùa thôn Ngô không chỉ là một di tích kiến trúc, nghệ thuật hàm chứa nhiều giá trị văn hóa Phật giáo mà còn là một di tích cách mạng kháng chiến của địa phương, của Thủ đô Hà Nội.